كنيسة "يوكوهاما"، هي كنيسة أرثوذكسية شرقية شبه مستقلة تتبع بطريركية موسكو، والتي ترجع إليها المصادقة على انتخاب ميتروبوليت طوكيو، وقد أنشأت هذه الكنيسة بفضل جهود المبشر نيكولاي كاساتكين "1836 – 1912" والذي أصبح أول رئيس أساقفة أرثوذكسي على اليابان، وكان قد وصل لليابان عام 1861 بصفة كاهن للقنصلية الروسية.
منذ بداية الحملات التبشيرية الأرثوذكسية في اليابان عام 1872، لم تعتمد الكنيسة اليابانية الأرثوذكسية على المبشرين فقط، بل عملت على إعداد وتدريب كادر من الكهنة المحليين في معهد لاهوتي في طوكيو لرعاية وخدمة
أتباعها، ومكنت هذه الشخصية الفريدة التي تمتع بها اليابانيون " اليابانيون الأرثوذكس من الحفاظ على وجودهم خلال كل المآزق والأزمات السياسية والعزلة التي مرت بها بلادهم، مثل الحرب الروسية اليابانية والحربان العالميتان.
وبين عامي 1945 و1970 كانت الكنيسة اليابانية الأرثوذكسية تحت وصاية الكنيسة الأرثوذكسية في أمريكا، وفي عام 1970 أصبحت كنيسة شبه مستقلة عن البطريركية الروسية لتدير شؤونها الخاصة.
والكنيسة الأرثوذكسية الرئيسية في طوكيو هي كاتدرائية نيكولاي نسبة لمؤسس الكنيسة نيكولاي كاساتكين، وتعتبر هذه الكاتدرائية من أكبر الأبنية الدينية في العاصمة اليابانية.
يتبع الكنيسة حوالي 30.000 فرد لهم أسقفيات في طوكيو، كيوتو وسندائي. يرأسها منذ 1999 المطران دانيال نوشيرو (Daniel Nushiro).
ودخلت المسيحية إلى اليابان من قبل المستكشفين والمبشرين البرتغاليين، اليسوعيين على وجه الخصوص، وأسس الكاثوليك البرتغاليين مدينة ناكاساكي، لتكون مركزًا مسيحيا مهمًا في الشرق
الأقصى، خلال فترة إيدو بين القرن السادس عشر والسابع عشر تم حظر المسيحية واضطر أتباعها إلى التخفي وممارسة الشعائر المسيحية في الخفيَّة، وبعد رفع الحظر عن المسيحية في القرن التاسع
عشر مع استعراش مييجي بدأ المسيحيين الكاثوليك في الظهور للعلن من جديد، تلاه قدوم البعثات التبشيرية البروتستانتية من أجل التبشير في اليابان، وتكثفت أنشطتهم بعد الحرب العالمية الثانية.
وتعد الديانة المسيحية في اليابان واحدة من بين الأقليات الدينية في البلاد، وتختلف التقديرات حول نسبة المسيحيين في اليابان، حيث تتراوح بين 2.3%، إلى 6% في سنة 2006، حسب إحصائية مؤسسة "جالوب" مقارنة بـ 1% سنة 2000، واستنادًا إلى استطلاع عام 2006 الذي أجرته مؤسسة "جالوب "وجدت أن المسيحية هي الدين الأسرع انتشارًا بين الشباب الياباني.
