يعتبر الدير المحرق آخر بقعه في صعيد مصر بلغتها العائلة المقدسة في رحلتها التاريخية المباركة من الشمال إلى الجنوب والتي تحولت إلى هيكل كنيسة العذراء الأثرية.
تبلغ مساحة الدير المحرق نحو 20 فدان تقريبًا وبذلك يعد من أكبر وأعظم الأديرة في صحارينا المصرية، يحيط بالدير سور خارجي بداخله ساحة الاحتفالات وعمارة للضيافة، وحديقة، ثم سور آخر يحيط بالدير.
وينقسم الدير من الداخل إلى ثلاثة أقسام بواسطة أسوار داخليه: يحتوي القسم الخارجي منها على كنيسة السيدة العذراء الجديدة، وعمارة للضيافة، وديوان الوكيل ومتعلقاته ومكتبات لبيع إصدارات الدير، وبعض
الملحقات الخدمية من حظائر للمواشي ومخازن الوقود وغيرها، أما القسم الأوسط من الدير فهو يحتوي على قصر الضيافة وبعض الحدائق وخلفه يوجد المائدة، أما القسم الأخير فيحتوي على كنائس الدير وقلالى الرهبان.
ويضم الدير خمسة كنائس بالإضافة إلى كنيسة الحصن، اندثرت أثان منها في عصور غابرة، وتعد كنيسة السيدة العذراء الأثرية أقدم من الدير حيث ترجع إلى القرن الأول للميلاد.
