كنيسة المغارة الأثرية توجد فى منطقة بابليون بمصر القديمة، وقد اختلف المؤرخون حول موعد تأسيسها ولكن أكثر الروايات أرجعتها إلى القرن الرابع الميلادى. وتم تشييدها فوق المغارة المعروفة بأبى سرجة.
وقد أقامت فيها العائلة المقدسة مدة ثلاثة أشهر تقريبًا، ذُكر أن سبب اختيار العائلة المقدسة تلك المنطقة هو وجود الكثير من اليهود بها.
والمغارة أسفل أرضية الكنيسة العلوية بحوالى ثلاثة أمتار، ولها مدخلان بدرجات سلالم، أحدهما من الجهة الجنوبية بجوار بئر كانت تشرب منها العائلة المقدسة، ولاتزال موجودة وبها ماء على عمق ثلاثة أمتار، والمدخل الثانى من الجهة الشمالية.
واكتُشفت الأرضية الأصلية للمغارة وقت إقامة العائلة المقدسة وتمت تغطيتها بزجاج لتظهر للزائرين.
وتُعتبر المغارة أهم ما يميز الكنيسة ويضعها فى مرتبة تنافسية مع الكنيسة المعلقة بالجوار، حيث لها قدسية خاصة لاستقرار العائلة المقدسة بها، وهو ما أذاع شهرتها عالميًا، فجعلها قبلة السياح من كل مكان.