أكد معهد الدراسات القبطية، أنه لا يفرق بين المواطنين، ويحرص على تعليم طلابه قيم المواطنة، وعدم التمييز والتفرقة، مؤكدا أن المعهد به العديد من الطلبة من الكنيسة الإثيوبية والهندية وغيرها، كما أنه يشارك في أنشطة الهيئة القبطية الإنجيلية.
جاء ذلك ردا على ما قاله المهندس عماد توماس، إن المعهد رفض قبول أوراقه بسبب كونه ينتمي للطائفة الإنجيلية متهما المعهد بالتفرقة والتمييز بالمخالفة للدستور والقانون.
وأشار المعهد في بيان له أذاعته قناة "لوجوس" الفضائية، أنه يستضيف أساتذة وطلاب من كلية اللاهوت الإنجيلية، مشددا على أنه يفتح أبوابه لكل الجنسيات، ومنها السودان وإثيوبيا وإفريقيا، لافتا إلى أن هناك العديد من الأشخاص من دول غربية حصلوا على زمالة المعهد، وبالطبع هؤلاء من طوائف مسيحية غير أرثوذكسية.
